BiocManager無法安裝R包

  • 2020 年 3 月 30 日
  • 筆記

每次開展R語言線下學習班，都需要重新發幾次：Windows電腦使用Rstudio會有多少錯誤呢 ，雖然大部分同學都是可以根據我們的教程順利解決問題，但是不幸的人各有各的不幸。一般來說就是Windows電腦的中文用戶名需要修改電腦系統的環境變量，R包下載等等。

但是今天有一個學員起初是下載R包無法聯網，所以失敗，根據我們的經驗當然是options(download.file.method = 'libcurl')就輕輕鬆鬆解決啦，不過這次居然是僅僅是解決了R自帶R包下載問題，使用BiocManager仍然是無法安裝R包，如下所示：

當然就得根據關鍵詞去搜索啦!

> BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)  錯誤: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?  此外: Warning messages:

第一次搜索以為是http和https的問題

參考：https://stackoverflow.com/questions/33355444/r-when-trying-to-install-package-internetopenurl-failed

大概意思是讓我修改鏡像把所有的https都替換為http，步驟如下：

  • using regular http mirrors instead of https
  • update your CA certificate bundle to allow proper certificate validation
  • setting the default download method to "libcurl" and see if that helps: options(download.file.method="libcurl")

但是嘗試了，失敗！

第二次嘗試以為是BiocManager的config文件

所以根據搜索結果使用：

config <- readLines("https://bioconductor.org/config.yaml")

這個時候的報錯讓我恍然大悟

其實真正的問題還是在聯網上面！也就是說options(download.file.method = 'libcurl')並沒有完全解決問題。

配置R聯網環境

繼續搜索R聯網環境，這個時候發現了url.method這個配置的解決方案；

options(download.file.method = 'libcurl')  options(url.method='libcurl')

果然，現在在Windows電腦裏面R語言的安裝R包和下載文件就OK啦。有趣的是，你每次都需要複製粘貼上面兩行代碼，或者你把它寫入到你的R配置文件哦。

那麼這兩個參數到底是啥區別呢

首先看 download.file.method ，非常複雜：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/download.file.html

Method to be used for downloading files. Current download methods are "internal", "wininet" (Windows only) "libcurl", "wget" and "curl", and there is a value "auto": see 『Details』 and 『Note』.  The method can also be set through the option "download.file.method": see options().

然後看，也很複雜：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/options.html·

character string: the default method for url. Normally unset, which is equivalent to "default", which is "internal" except on Windows.

接下來就繼續安裝R包吧

使用管理員打開R哦，然後就

options()$repos  options()$BioC_mirror  options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")  options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))  options()$repos  options()$BioC_mirror    # https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html  if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))   install.packages("BiocManager")  BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)  BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)  BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)  BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

如果你還報錯，就看看周圍有沒有大神幫你解決吧！

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