GEO數據庫的這個功能你知道嗎

• 2020 年 3 月 27 日
• 筆記

你現在看到的是隨機投稿欄目!

大家都想學單細胞轉錄組數據處理，可是如果你不會R語言，沒玩過GEO數據庫挖掘，沒有這些背景知識點，你會學的很辛苦，所以這裡接受大家的投稿帶領大家一起學習R及bioconductor技能！！！

首先來一個簡單的GEO數據庫挖掘吧！

前言

今天在技能樹學徒班聽了一節關於GEO數據庫的課，GEO是什麼，又是一頭霧水，強迫基因受環境影響出現短暫的表達，趕緊搜索了解下，GEO（Gene Expression Omnibus database）是由NCBI負責維護的一個數據庫，設計初衷是為了收集整理各種表達芯片數據，但是後來也加入了甲基化芯片，lncRNA，miRNA，CNV芯片等各種芯片，甚至高通量測序數據，從文章拿到了GSE的study ID號，登錄GEO網站，輸入GSE的study ID，就可以看到關於該study的所以描述信息，是用的什麼測序平台，測了多少個樣本，數據分析等等（GEO的解釋摘自於生信菜鳥團的整理：http://www.bio-info-trainee.com/tag/geo）

GEO2R分析

但是有些GSE序列在GEO網站沒有提供GEO2R分析（如GSE111229）。

利用GEO數據庫的GEO2R工具分析一個GSE的study ID，操作如下：

• 登錄GEO官網 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

• 輸入study ID號 GSE24673 點擊「Go」

• 用GEO2R分析，翻到最底頁，就會看到有藍色圖標「Analyze with GEO2R」點擊運行。

• 分組，這裡分兩組，輸入英文名字後，按enter鍵

• 分別命兩個組的名字，自己命名如「tumor」，「normal」

• 選中3個GSM序列放到tumor里，歸為第一組。

• 選中4個GSM序列放到normal里，歸為第二組

• 點擊運行，翻到頁底，點擊「top 250」運行。

• 運行中，這過程有點慢，需要耐心等待…

• 查看結果1，運行好之後會主動展現一些結果。

• 查看結果2，根據自己想要查看的結果，可以輸出（保存）已分析好的結果。

• 也可根據自己的需求查看其它運行的代碼，比如查看R腳本，而且可以複製。如果在操作上有不懂的，可以看GEO官網上的視頻，視頻里有整個過程的詳細講解，點擊「YouTube」。

結語

今天感謝生信技能樹齊老師的授課與指導。