[書籍翻譯系列]數據處理必備—R安裝
- 2020 年 3 月 27 日
- 筆記
希望大家能有所收穫！
正文
R/Bioconductor簡介
5.1
安裝R包
5.1.1 CRAN
Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功構建和安裝之外，上傳軟件包的要求很少，因此文檔和支持文件通常都很少，並且弄清楚如何使用這些軟件包本身就是一個挑戰。CRAN是R將搜索以查找要安裝的軟件包的默認存儲庫：
install.packages("devtools") require("devtools")
5.1.2 Github
Github並不特定於R，任何類型的代碼都可以上傳。無法保證上傳到github的軟件包可以安裝。可以使用上面安裝的「devtools」軟件包直接從github下載和安裝R軟件包。
devtools::install_github("tallulandrews/M3Drop")
Github也是一個版本控制系統，可以存儲任何軟件包的多個版本。默認情況下，會安裝最新的「主」版本的軟件包。如果您想要舊版本或開發分支，可以使用「ref」參數指定：
# different branch devtools::install_github("tallulandrews/M3D", ref="nbumi") # previous commit devtools::install_github("tallulandrews/M3Drop", ref="434d2da28254acc8de4940c1dc3907ac72973135")
注意：請確保重新安裝M3Drop主分支以便稍後在課程中使用。
5.1.3 Bioconductor
Bioconductor是專門用於生物分析的R包裝庫。它對上傳有最嚴格的要求，包括在每個平台上安裝，以及完整的文檔和一個教程（稱為插圖），解釋如何使用包。Bioconductor還鼓勵使用標準數據結構或者類和編碼樣式或者命名約定，因此理論上，包和分析可以組合成大型管道或工作流。
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("edgeR")
注意：在某些情況下，有必要在上面用「 http：// 」 替換「 https：// 」，具體取決於您的互聯網連接或者網絡的安全功能。
Bioconductor還要求創作者支持他們的包裹，並定期發佈6個月。在嘗試安裝課程包之前，請確保使用最新版本的bioconductor。
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BiocUpgrade")
5.1.4 來源
安裝包的最終方法是直接從源代碼。在這種情況下，您必須下載完整構建的源代碼文件，通常是packagename.tar.gz，或克隆github存儲庫並自行重建包。通常，只有在您自己編輯包時，或者由於因為某種原因之前的方法失敗時才會執行此操作。
install.packages("M3Drop_3.05.00.tar.gz", type="source")
5.2
安裝說明
本課程所需的所有包均可在此處獲得（https://github.com/hemberg-lab/scRNA.seq.course/blob/master/Dockerfile）。從「RUN Rscript -e」install.packages（'devtools'）「」開始，在命令行上運行每個命令（減去「RUN」）或啟動R會話並運行引號內的每個命令。請注意，在某些情況下，安裝的順序很重要，因此請確保按從上到下的順序運行它們。
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