做了個簡陋的網頁娛樂版HLA分型

2020 年 3 月 3 日
筆記

可以用snp芯片數據實現HLA分型，任意的SNP芯片，只要位點數足夠即可（幾十萬）。

由於本人幾乎沒有前端和後台水平，所以應用相當簡陋，請諒解。請把數據命名為郵箱地址.txt,如zd@163.com.txt

請選擇並上傳你的芯片數據文件（及擴展數據，可選）即可完成HLA分型。使用的建站gcloud進行的，配置只有單核1.6G，HLA分型器會耗時30min左右，請耐心等待,結束後以結果以郵件形式發送到你的郵箱。

是採用大神開發的snp2hla進行分型的，具體過程可參考我的博客：https://jiawen.zd200572.com/431.html

snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所開發的，通過snp分型數據來獲得HLA分型信息的軟件。它的準確度主要依賴於一個儘可能大的，針對特定民族人群的參考數據集。這個網頁採用的是2014年發表的東亞人群的參考數據集，部分準確度約為80%。由於不同芯片的數據中HLA區域位點的數目不同，可能獲得的結果有n多候選，請悉知。

做這個純屬個人愛好，原始數據和結果將在得出結果後刪除。也可以按軟件說明自己搞，也挺簡單的。

聯繫郵箱

zd200572#163.com(#->@)

閱讀原文即可開始分型。

地址也放在這：https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html