chip_seq質量評估之coverage分析

• 2019 年 12 月 19 日
• 筆記

歡迎關注」生信修鍊手冊」!

peak calling的核心是比較input和抗體處理樣本基因組區域測序深度分佈的差異，所以樣本的測序深度分佈可以作為質控的一個標準，本文介紹如何通過deeptools來繪製樣本測序深度分佈圖。

通過plotCoverage命令，可以繪製樣本測序深度的分佈，由於測序量較大，為看節省運行時間，默認隨機抽取10M的reads，來計算測序深度的分佈，基本用法如下

plotCoverage   -b H3K4Me1.bam H3K4Me3.bam H3K27Me3.bam H3K9Me3.bam  --plotFile example_coverage   -n 1000000   --plotTitle "example_coverage"   --outRawCounts coverage.tab   --ignoreDuplicates   --minMappingQuality 10

輸出結果示意如下

左側是測序深度頻率分佈圖，右側是大於該測序深度的頻率分佈圖， 以H3K4Me1這個樣本為例，左側圖中橫坐標為2的位置，對應縱坐標約為0.05，說明測序深度為2的區域包含了5%的reads，右側圖中橫坐標為2的位置，對應的縱坐標約為0.15， 說明在基因組上有15%的區域測序深度都大於等於2。

這種頻率分佈圖單個樣本實際上意義不大，主要是通過多個樣本的比較，查看是否有某個樣本和其他樣本差距很大，從而判斷離群值樣本。

·end·

—如果喜歡，快分享給你的朋友們吧—

掃描關注微信號，更多精彩內容等着你！