使用igvtools可視化測序深度分佈

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igvtools是最常用的NGS數據可視化工具之一，功能非常強大，可以展示序列比對，拷貝數變異，突變位點等多種數據的分佈，網址如下

https://software.broadinstitute.org/software/igv/home

本文主要介紹如何使用這個工具來展示測序深度的分佈，對於測序深度，有多種格式的文件都存儲了相應的信息，比如我們之前介紹過的bedgraph, bigwig等。igvtools當然支持直接導入這種格式的文件，但是igvtools官方更推薦使用它們自己制定的一種文件格式-TDF。

TDF格式也是採用了滑動窗口的方式，用窗口內的數據的平均值來代表該窗口的結果，最終生成了一個二進制的文件，這個文件igvtools處理起來更加快速。通過igvtools的命令行工具，可以由bam文件生成對應的tdf格式的文件，用法如下

igvtools count   -z 5 -w 10 -e 0   sample.bam   sample.tdf   genome.fa

生成了tdf格式的文件之後，就可以導入到igvtool之中，首選選擇對應的基因組版本，然後通過File->Load from File導入對應的文件。

為了展示的更加美觀，我們對默認參數進行一些調整。通過View->Preferences按鈕，調整Charts的參數，勾選對應的單選框，示意如下

在igvtools中，每一行展示的數據稱之為track, 通過右鍵彈出的菜單，可以對每個track的顏色，數值範圍進行調整。調整參數之後，可以生成如下所示的結果

igvtools也支持導出圖片，通過File->Save Images可以導出png, svg, jpeg等多種格式的文件。

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