DriverDBv3：一站式解決腫瘤多組學分析的「炫酷」神器
- 2019 年 12 月 17 日
- 筆記
目前，生信文章常常不再局限於單一組學分析，而是將基因表達與非編碼RNA、突變、甲基化、CNV、臨床數據進行整合分析，多組學分析已然成為生信分析的主流趨勢。今天，為大家分享一個近期發表在「核酸」雜誌上的神器——DriverDBv3，也是一個可以一站式解決腫瘤多組學分析的「炫酷」神器！
看看下圖，就能知道它可以做什麼分析了～
首先進入主頁。網站主頁有三大分析菜單和一個下載菜單，分析菜單可以通過癌症分析(Cancer)、基因分析(Gene)和個性化定製分析(Customized-analysis)。
一、Cancer分析
點擊Cancer菜單後，例如選擇組織類型「lung」，數據集「Lung adenocarcinoma」，點擊提交即可。
提交後，可以發現一個總結的菜單和突變、CNV、甲基化、生存分析、miRNA五個分析菜單。而分析的數據集來源是TCGA。
01
肺腺癌驅動基因的注釋、通路、網絡分析
GO功能注釋：表格展示、GO Plot展示、條形圖展示
通路分析：可通過7個數據庫進行分析。
KEGG分析分別以表格、網絡圖、條形圖可視化。
蛋白或基因互相作用分析來自三個數據庫：BioGRID，IntAct和STRING，分別進行可視化。
02
肺腺癌驅動基因突變分析
TOP30基因的可視化，左圖是瀑布圖，展示突變在樣本中的分佈及突變位置。右圖是TOP30基因突變樣本的數量。
03
驅動基因拷貝數變異(CNV)分析
第一幅圖展示了TOP30個基因的拷貝數變異（CNV）百分比。如果將鼠標移到基因條上，CNV百分比的詳細信息將顯示在工具提示中。綠色區域代表CNV減少；粉色區域代表CNV增加；藍色區域代表無CNV。第二幅圖則說明了肺腺癌患者中TOP30基因與其CNV之間的關係。x軸代表癌症患者的樣品；y軸列出了前30個基因。同樣，綠色區域代表CNV減少；粉色區域代表CNV增加。
基因座的富集分析：該圖顯示了所有染色體內基因的基因座。每個紅點代表一個基因及其在染色體上的相關位置。將鼠標移到各個基因上可以查看染色體，基因的位置，值和名稱。
CNV表，該表包含CNV的全面信息。
04
驅動基因甲基化分析
條形圖描述了TOP30個基因中每個基因的甲基化百分比。綠色代表低甲基化；粉色區域代表高甲基化；藍色區域表示未甲基化。同樣，將鼠標移到基因的條上會顯示工具提示中甲基化百分比的詳細信息。瀑布圖則說明了肺腺癌患者中TOP30基因與其甲基化類型之間的關係。
甲基化的位置及詳細信息同CNV分析。
05
生存分析
主要是協同效應的生存分析：針對兩個基因同時表達的水平來分組，比較不同分組之間生存率的差異。
06
癌症相關miRNA的分析
miRNA及其靶基因之間的關係網絡圖：驗證的關係用實線表示；而預測的關係用虛線表示。綠色的節點代表基因。黃色的節點代表miRNA。
差異表達基因和miRNA的可視化，熱圖的x軸代表樣本分佈,y軸可以是基因或miRNA。紅色/藍色的強度表示表達水平的高低。
基因-miRNA之間詳細信息表。
二、基因分析
首先選擇「HGNC symbol」，例如輸入「EGFR」，點擊提交。
01
基因的基本信息
EGFR基因在不同癌種中的差異表達（DE），突變，CNV，甲基化，生存情況和miRNA的可視化。
02
EGFR基因表達
第一個箱線圖顯示了按樣品類型分類後EGFR基因在各個癌症中的表達水平。第二個箱線圖顯示了按突變類型分類後EGFR基因在各個癌症中的表達水平。
具體癌種的可視化分析。
03
EGFR突變分析
可以選擇突變率，突變百分比，外顯子和熱點的可視化方法，分析EGFR基因與各個癌症類型相關的信息。
所有癌症EGFR基因突變率的可視化
可視化肺腺癌EGFR基因的突變率。
04
EGFR基因CNV的分析
展示了EGFR基因的CNV在各個癌種的分佈情況。
具體癌種中EGFR基因CNV情況的可視化。
05
EGFR基因甲基化分析
首先是EGFR基因甲基化在各個癌種的分佈情況。
具體癌種中EGFR基因甲基化情況的可視化。
06
EGFR基因生存分析
提供了4種生存終點和2個分層方法，可根據具體情況選擇，包含了EGFR基因表達在不同癌種中的數據。
具體癌症的K-M生存曲線
與EGFR相關的基因之間協同效應的生存分析
07
EGFR基因相關的miRNA分析
Gene-miRNA網絡展示了EGFR基因與調控它的miRNA之間的關係。
三、定製分析
可以通過 「生存分析」或「驅動基因識別」進行分析。點擊Next。
在左欄中最多可以鍵入5個基因。通過按Check，將刪除無效基因，隨後僅分析有效基因。然後，單擊「next」。
下拉菜單中選擇一個數據集。
在下圖E-mail address中輸入郵箱地址，提交即可。
最終展示結果，可以獲得OncoPrint突變圖，Kaplan-Meier圖，基因表達的箱線圖等。根據驅動基因定製分析同生存定製分析。
四、數據下載
點擊「Download」下載數據即可。
今天的神器就介紹完了，DriverDBv3網站能分析的內容非常多，但操作都非常簡單。反正小編做完教程已經快吐血了。。。接下來，小夥伴們表演吧！
