輕輕鬆鬆繪製桑基圖

• 2019 年 12 月 17 日
• 筆記

定睛一看，右側不是熟悉的基因嗎？妥了，真是相關的。

好吧，我們開始提筆繪製走起，繪製桑基圖工具包還挺多，不僅從最高端的JS庫(D3、Ecgarts、highlight)到主流的數據科學編程工具（R、Python等）亦或者人人都能上手的自助式BI工具（PowerBI、Tableau等）都可以勝任此項工作。

R中有兩個包有現成的桑基圖函數：Networkd3、d3Network，包名大同小異，而且函數的參數都是一樣的。但是今天我們採用ggalluvial工具包來實現，一個ggplot2的拓展包。

1

安裝ggalluvial包，操作很簡單，直接install，接着加載進來就行

2

整理數據集，這裡給大家提供了一個ceRNA關係對應表，本次我們準備展示三者之間的關係，示例數據大家可以後台獲取，首先我們讀進數據，如下：

三者分別是mRNA，miRNA和lncRNA

3

統計每列單獨的元素，如下：

可以看到mRNA一共9個，miRNA 6個，lncRNA 4個

4

格式轉化

使用to_loads_from 函數將df數據框數據轉為ggalluvial所需要的數據格式，本質上就是數據寬數據變為長數據。

5

數據繪圖

代碼如下：

圖形如下：