安裝GitHub的R包困難解決方案

• 2019 年 11 月 22 日
• 筆記

相信遇到這樣的問題的朋友不在少數，在中國大陸做數據分析，下載軟件數據文件遇到困難那是家常便飯。

比如安裝GitHub的R包，因為並不是所有的R包都會被正式的發佈在CRAN或者bioconductor，所以對於簡簡單單分享在GitHub的R包一般我們搜索到如下代碼：

library(devtools)  # https://github.com/jasdumas/shinyGEO  install_github("jasdumas/shinyGEO")  if(!requireNamespace("ThreeDRNAseq", quietly = TRUE))    devtools::install_github('wyguo/ThreeDRNAseq')

一切看起來那麼美好

函數下載困難就瀏覽器下載

實際上，在很多地方，上面這樣的代碼，都只能是永無休止的等待，甚至是如下所示的錯誤：

image-20191120214502005

其實還可以先下載GitHub的這個R包的項目文件：

image-20191120212157848

當然了，你可能需要找一個網速稍微好一點的下載渠道，如下所示：

image-20191121170459162

然後再本地安裝，這個時候install_github函數可能是有問題的啦，所以需要谷歌搜索，考驗大家搜索能力的時候到了，主要是關鍵詞尋找：install github local r package 一般來說，程序員之友論壇就會是答案：https://stackoverflow.com/questions/17366772/install-r-packages-from-github-downloading-master-zip

devtools::install('github/ThreeDRNAseq/')

一般來說，就會成功：

image-20191121222747036

另外一個小技巧

實際上，非常多的時候，我們只是記住了R包的名字，而不知道作者，所以下載的時候給出作者+R包名字有點困難，一個 githubinstall 可以根據R包名字幫你聯想，just like install.packages().

library(githubinstall)  githubinstall("AnomalyDetection")  Suggestion:   - twitter/AnomalyDetection  Anomaly Detection with R  Do you want to install the package (Y/n)?  

githubinstall() suggests GitHub repositories from input package names and asks whether you install it.

當然了，我覺得沒啥意思，我通常是連R包都不記得名字，就是複製粘貼嘛！

不過，這個包自己當然是不僅僅這麼一點功能啦，感興趣的可以去看看：https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html