TCGA的兄弟網站TCPA了解下，爆好用！

• 2019 年 11 月 14 日
• 筆記

想必大家都知道TCGA，但與之配套的TCPA很多人都不知道。TCPA全稱The cancer proteome atlas，癌症蛋白圖譜。更新到3.0版本的TCPA網站是以蛋白質為中心綜合分析的網站。

網站結合了反相蛋白質陣列（RPPA）和TCGA數據庫的數據，能夠分析RPPA蛋白與顯著體細胞突變基因的相關性，評估拷貝數變化，DNA甲基化和mRNA對蛋白質的影響，能推斷miRNA對蛋白質表達的調節作用，構建蛋白質與通路的共表達網絡，並鑒定臨床相關的蛋白質標誌物。下面小編一一給你介紹：

板塊一

蛋白質表達與突變基因的相關性

通過t檢驗和FDR來鑒定基因突變狀態的突變組和野生型之間的差異表達的蛋白質。

板塊二

mRNA，SCNA和DNA甲基化對蛋白質表達的預測能力

蛋白質表達受多種基因組和轉錄組特徵的影響，其中SCNA，DNA甲基化和mRNA表達預計與蛋白質丰度變化直接相關。因此網站進行了比較分析，以查看哪個功能最有助於蛋白質表達。

板塊三

miRNA對蛋白質表達的調控作用

可分析miRNA對特定蛋白質表達在特定腫瘤中的調控作用

板塊四

蛋白質和通路的共表達網絡分析

為了更好地表徵蛋白質之間的功能關聯，網站計算了通路得分，並根據通路與蛋白質之間的相關性建立了一個嵌套的共表達網絡。

板塊五

RPPA蛋白標誌物的臨床預後分析

通過評估RPPA蛋白標記與患者生存時間，腫瘤亞型和不同癌症類型的疾病分期之間的相關性，檢查了RPPA蛋白標誌物的臨床相關性

小結

TCPA能夠用來探索蛋白質組學與其他組學之間相互作用關係，但網站主要的局限性在於目前只收錄了260個蛋白質標誌物。未來會擴展到涵蓋所有癌症通路的500多種蛋白質。基因組、轉錄組分析完了，要不來再加點蛋白質？