R-forestplot包| HR結果繪製森林圖

2019 年 10 月 14 日
筆記

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上一篇簡單的介紹了COX生存分析結果繪製森林圖Forest plot（森林圖） | Cox生存分析可視化，本文將介紹根據數據集合的基本信息以及點估計值（置信區間區間）的結果直接繪製森林圖的方法。

其中點估計值（置信區間）的結果可以是COX也可以是logistic回歸等其他方法的結果，適用範圍更廣。

一準備數據

#載入R包
library(forestplot)
#數據來源：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/
data <- read.csv("ForestPlotData.csv", stringsAsFactors=FALSE)
#查看數據
head(data)

二繪製森林圖

2.1 簡單森林圖

對數據進行部分修改，方便行名和列名字輸出

## 構建tabletext，更改列名稱，展示更多信息
np <- ifelse(!is.na(data$Count), paste(data$Count," (",data$Percent,")",sep=""), NA)
 
## The rest of the columns in the table.
tabletext <- cbind(c("Subgroup","n",data$Variable),
                   c("No. of Patients (%)","n",np),
                   c("4-Yr Cum. Event Raten PCI","n",data$PCI.Group),
                   c("4-Yr Cum. Event Raten Medical Therapy","n",data$Medical.Therapy.Group),
                   c("P Value","n",data$P.Value))
##繪製森林圖
forestplot(labeltext=tabletext, graph.pos=3,
          mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),
          lower=c(NA,NA,data$Low), upper=c(NA,NA,data$High),
          boxsize=0.5)

如上圖所示基本信息OK了，但是可以在以下幾個方面進行優化：

添加線條，區分Subgroup
更改箱線圖的寬度，顏色和大小
更改字體大小，更易區分
添加標題和橫坐標軸標示

2.2 優化森林圖

## 定義亞組，方便後麵線條區分
subgps <- c(4,5,8,9,12,13,16,17,20,21,24,25,28,29,32,33)
data$Variable[subgps] <- paste("  ",data$Variable[subgps])

forestplot(labeltext=tabletext,
         graph.pos=3, #為Pvalue箱線圖所在的位置
         mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),
         lower=c(NA,NA,data$Low), upper=c(NA,NA,data$High),
         #定義標題
          title="Hazard Ratio Plot",
         ##定義x軸
         xlab="    <---PCI Better---   ---Medical Therapy Better--->",
         ##根據亞組的位置，設置線型，寬度造成“區塊感”
         hrzl_lines=list("3" = gpar(lwd=1, col="#99999922"),
                         "7" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),
                         "15" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),
                         "23" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),
                         "31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")),
         #fpTxtGp函數中的cex參數設置各個組件的大小
          txt_gp=fpTxtGp(label=gpar(cex=1.25),
                         ticks=gpar(cex=1.1),
                         xlab=gpar(cex = 1.2),
                         title=gpar(cex = 1.2)),
         ##fpColors函數設置顏色
         col=fpColors(box="#1c61b6", lines="#1c61b6", zero = "gray50"),
         #箱線圖中基準線的位置
         zero=1,
         cex=0.9, lineheight = "auto",
         colgap=unit(8,"mm"),
         #箱子大小，線的寬度
         lwd.ci=2, boxsize=0.5,
         #箱線圖兩端添加小豎線，高度
         ci.vertices=TRUE, ci.vertices.height = 0.4)