（數據科學學習手札66）在ubuntu服務器上部署shiny

• 2019 年 10 月 3 日
• 筆記

一、簡介

　　shiny是R中專門用於開發輕量級web應用的框架，在本地寫一個shiny應用並調用非常方便，但如果你希望你的shiny應用能夠以遠程的方式提供給更多人來使用，就需要將寫好的shiny應用部署到服務器上，主要有兩種方式，第一種是將shiny應用發佈在shinyapps上，第二種是將你的shiny應用部署到自己租用的服務器上，前者比較方便但遇到一些R包環境或中文顯示等問題時幾乎是無解的，而後者雖然麻煩，但更為自由，且從0開始自己動手的過程又何嘗不是一種極大的樂趣呢，本文就將針對在ubuntu 16.04服務器上部署shiny server的流程進行詳細的說明；

二、環境配置

2.1 服務器配置說明

　　我使用的服務器是阿里雲ECS，ubuntu 16.04，2核8G內存，40G系統盤，如果條件允許的話，建議內存不要選擇過小，否則在編譯安裝一些R包如raster時會內存不足（當然你也可以通過swap的方式來增加虛擬內存，但速度是非常慢的），用於連接服務器的工具為putty，通過putty登入服務器：

2.2 安裝最新版R

　　首先我們需要安裝最新版的R（寫作此文時最新的穩定版本為3.6.1），查看R官網對於ubuntu安裝最新版R的介紹：

　　按照上述步驟，首先用vim打開對應的sources.list文件：

sudo vim /etc/apt/sources.list

 　　按i進入編輯模式，結合我們系統版本，把前面R官網說明頁面中的deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35添加進文件中，按esc後，再按shift+:，輸入wq完成寫入並退出過程：

　　接着執行下列命令來安裝最新版的R，遇到y/n全部選擇y：

sudo apt-get update  sudo apt-get install r-base

　　這時查看R版本：

　　這時可以看到我們已經成功安裝了最新版本的R。

2.3 安裝Rstudio與Rstudio Server

　　接下來我們來安裝Rstudio以及Rstudio Server，用於遠程編寫及管理服務器上的R程序，在官網對應的下載頁面找到對應我們系統版本的geb格式安裝包下載鏈接：

　　Rstudio：

　　Rstudio Server：

　　其實可以在服務器中輸入wget 下載鏈接 來下載對應的文件，但是無奈這樣下速度太慢，於是我在本地電腦用了梯子之後以很快的速度下載了Rstudio的geb文件，然後用pscp上傳到我們的服務器上的指定目錄下：

　　除此之外還需要安裝用以打開geb格式文件的相關程序：

sudo apt-get install gdebi

 　　接下來執行下列命令安裝Rstudio：

 sudo gdebi rstudio-1.2.1335-amd64.deb

　　同樣的方式，我們用pscp上傳Rstudio Server的安裝包到剛才的目錄下執行下列語句：

sudo gdebi rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

　　在完成上述命令後，我們可以通過訪問http://你的服務器公網IP:8787來使用Rstudio Server服務：

　　這裡輸入的賬戶和密碼與服務器登錄賬戶與密碼一致，這裡不得不吐槽一下Rstudio Server的傻逼設定，這裡登入的賬戶和密碼不能已獲取超級用戶權限，沒關係，我們新建一個沒有超級用戶權限的用戶：

sudo adduser 用戶名

　　這樣我們就可以用這個無超級用戶權限的賬號登入Rstudio Server：

　　可以看到熟悉的界面，就是個在線版的Rstudio，可以通過它來方便地修改服務器上的R代碼。

2.4 安裝shiny和shiny server

　　接下來到了最重要的地方，我們來安裝shiny和shiny server，首先我們在服務器上的R環境中安裝shiny包：

　　安裝成功：

　　接下來安裝shiny server，同樣的在本地從官網下載對應的geb安裝包，然後用pscp上傳到指定目錄下：

　　執行下列命令來安裝shiny server：

sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb

　　安裝完成後訪問 http://服務器公網IP:3838，這是shiny server的默認導引頁，若能顯示正常則證明shiny server安裝成功：

　　這時可以發現右側下方的應用沒有正常顯示，但這裡並沒有明確顯示具體的報錯信息，為了在shiny應用出錯時能顯示具體的錯誤信息，我們需要修改shiny server的配置文件，執行下列命令打開shiny server的配置文件：

vim /etc/shiny-server/shiny-server.conf

　　如圖所示位置添加上兩行語句用於設置shiny應用出錯時顯示具體錯誤信息，保存退出，重新訪問剛才的頁面：

　　可以看出這時顯示的報錯信息提示我們缺失rmarkdown包，在R環境中安裝rmarkdown後再次訪問此頁面：

　　這時可以看到對應的應用都已正常顯示，而這兩個應用所在的路徑在shiny server的配置文件中有說明：

　　打開對應路徑可以看到hello和rmd兩個文件夾，每個文件夾代表一個應用，其內部擁有標準的shiny應用的ui.R和server.R，有時也會有global.R來輔助程序運行：

　　同樣的，我們可以修改配置文件中的默認應用路徑到我們自己的應用位置，而在管理shiny server運行上，主要用到下列命令：

#查看狀態  sudo systemctl status shiny-server  #開啟  sudo systemctl start shiny-server  #停止  sudo systemctl stop shiny-server  #重啟  sudo systemctl restart shiny-server

　　而直接訪問應用就是在剛才的引導頁url後面添加路徑信息，如我們直接來訪問hello應用，http://服務器公網IP:3838/sample-apps/hello/ ：

　　至此，我們就完成了在ubuntu上配置部署shiny應用的全部工作，當你想要部署新的應用時，只需要將應用對應文件夾放入應用默認目錄下再按照格式訪問即可。

　　以上就是本文的全部內容，如有筆誤或不清楚之處望指出！