­

手把手教你學習可視化武器–upsetR

  • 2019 年 10 月 7 日
  • 筆記
各位科研芝士的朋友,大家好。今天我們學習一下可視化的利器upsetR,談到這個工具包,我們不得不去了解一下該工具包的兄弟-韋恩圖VennDiagram。

當我們的數據分組越來越多的時候,韋恩圖解讀效果不再那麼一目了然了,這時候我們需要利用upsetR包,對數據進行重新操盤。

1. 安裝並加載包,關於包的安裝,已經講過多次,直接上代碼

2. 構建數據集,我們同要採用sample函數隨機生成隨機數,下面代碼的意思是分別生成400,600,350,550,375,200,777個從1到1000的隨機數,注意replace參數,當為TRUE,代表的是有放回的抽取,FALSE代表無放回的抽回,此處均為無放回

3.構建所需要的數據集以及定義顏色,可以看到upset函數接收的是list結構數據,同時構建了顏色的向量數據結構

注意顏色值填充也可用從red,balck等填充。

4. 一行代碼出美圖

結果如下:

接着重點講解一下upset參數:

第一個參數為fromList(x):x為list對象數據

nsets: 最多展示多少個集合數據。畢竟原來有20多種電影類型,放不完的

nintersects: 展示多少交集。

mb.ratio:控制上方條形圖以及下方點圖的比例。

order.by:交集如何排序。這裡先根據freq,然後根據degree

decreasing:變量如何排序。這裡表示freq降序,degree升序

keep.order , #keep.order按照sets參數的順序排序

number.angles, #調整柱形圖上數字角度

point.size , line.size , #點和線的大小

queries接受query所組成的list。然後不同query也是一個list,這個list由查詢函數,和參數組成,參數也是一個list。查詢函數可以用系統自帶的,也可以自己寫一個。比如說這裡的intersects,代表對A,B,C取交集。

比如我們想一次展示全是數據,並取A,B,C,D,E,G的交集,顏色設為紅色,代碼如下:

結果如下:

聲明

百味科研芝士原創文章,

未經許可,嚴禁轉載

多點好看,少點脫髮