• 2022 年 9 月 19 日
• 笔记

技术背景 在前面几篇跟SETTLE约束算法相关的文章（1, 2, 3）中，都涉及到了大量的向量旋转的问题–通 …

• 2022 年 8 月 31 日
• 笔记

技术背景 在之前的两篇文章中，我们分别讲解了SETTLE算法的原理和基本实现和SETTLE约束算法的批量化处理。SETT …

• 2022 年 8 月 4 日
• 笔记

技术背景 在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也 …

• 2022 年 6 月 28 日
• 笔记

技术背景 PDB（Protein Data Bank）是一种最常用于存储蛋白质结构的文件。而我们在研究蛋白质构象时，往往 …

• 2022 年 3 月 21 日
• 笔记

技术背景 勒让德变换在经典力学和统计力学中是非常常用的一个数学工具，其变换了一个函数的所有（或部分）自变量，也改变了函数 …

• 2022 年 3 月 17 日
• 笔记

技术背景 分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用，这得益于分子动力学模拟本身的直观表述，用宏观的牛顿力学，结合 …