使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据
- 2019 年 12 月 19 日
- 笔记
可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC, GBrowse等基于web的基因组浏览器，也有igvtools等本地化的图形界面软件。对于Hi-C数据，在前面的文章中也介绍过基于web的WashU Epigenome Browser基因组浏览器和本地化的juicebox软件。
熟练掌握其中一个软件的用法就可以满足大部分的需求了，但是作为一个生信分析的极客，总感觉还是需要一款命令行工具来提高效率。python和R都拥有非常强大的可视化能力，今天介绍一款基于python语言的软件pyGenomeTracks, 一款原汁原味的命令行工具，拥有和基因组浏览器相同的展现形式，网址如下
https://github.com/deeptools/pyGenomeTracks
该软件支持可视化以下几种信息
- bigwig
- bed
- bedgraph
- links
- Hi-C matrices
采用该软件可视化的效果图如下
和基因组浏览器一样的展现形式，每一层为一个track。该软件采用配置文件的形式来配置需要展示的文件信息，每个需要展示的文件和对应的参数都写在一个标签下，具体写法如下
1. bigwig
2. bedgraph
3. hic
除此之后，还有x-axis和spacer等标签，分别对应x轴和两个tracks之间的空格区域。下方如下
[spacer] [x-axis] where = top
编辑好配置文件之后，就可以运行了，用法如下
pyGenomeTracks --tracks tracks.ini --region chr2:10,000,000-11,000,000 --outFileName output.pdf
tracks参数指定配置文件的名称，region参数指定需要可视化的基因组区域，outFileName参数指定输出文件的名称。为了达到美观的效果，有许多的参数需要调整，更多细节请参考官方文档和示例。
一个hi-c数据可视化的效果图如下
通过该软件，可以高效的展示hi-c数据。
