• 2022 年 3 月 11 日
• 筆記

技术背景 在上一篇文章中，我们介绍了在分子动力学模拟中SETTLE约束算法的实现与应用，其中更多的是针对于单个的水分子。 …

• 2022 年 3 月 8 日
• 筆記

技术背景 在上一篇文章中，我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现 …

• 2022 年 2 月 9 日
• 筆記

技术背景 在分子动力学模拟的过程中，考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的。而牛顿第二定律告诉我们，粒子的动力学过程仅 …

• 2022 年 1 月 4 日
• 筆記

技术背景 JAX-MD是一款基于JAX的纯Python高性能分子动力学模拟软件，应该说在纯Python的软件中很难超越其 …

• 2021 年 10 月 26 日
• 筆記

技术背景 VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件，可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式 …

• 2021 年 7 月 12 日
• 筆記

技术背景 增强采样（Enhanced Sampling）是一种在分子动力学模拟中常用的技术，其作用是帮助我们更加快速的在 …

• 2021 年 6 月 29 日
• 筆記

技术背景 周期性边界是分子动力学模拟中常用的一种技术手段，不仅可以完整的概述完整的分子体系的特性，在一部分场景下还可以提 …

• 2021 年 5 月 10 日
• 筆記

技术背景 SMILES表达式是化学里面常用的用于标定元素之间关系的字符串，旨在用最简短的语句来完整的表达一个分子体系内所 …