生信第一步-购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境

• 2020 年 4 月 2 日
• 筆記

但是没实实在在的操练过。

现在因为疫情，就不去实验室了，小命要紧，居家办公，笔记本就不够看了。一遍操练下来，发现光看不练完全没用。。。学了不操练，等于没学。买服务器这一步我就不写了，直接进入正题。

一.腾讯云服务器-构建生信分析环境

01.硬盘设置

挂载数据盘，我先买了200G的云数据盘，暂时够用，手动挂载后，需要进入服务器，再次进行挂载

   df -h # 服务器原始的状态  

服务器原始状态

   sudo fdisk -l  

挂载1

   sudo mkfs.ext4 /dev/vdb1   ls /home/   sudo mv /home/* /tmp/   sudo mount /dev/vdb1 /home/   sudo mv /tmp/ubuntu/ /home/     # 设置自动挂载数据盘，这样关机或者重启后，就不需要再次挂载   sudo ls -l /dev/disk/by-id   # 查看数据盘的id   sudo cp -r /etc/fstab /home/   ls /home/   sudo vi /etc/fstab        # 在最后以后写入如下        # /dev/disk/by-id/virtio-disk-92c3klw1-part1 /home ext4 defaults 0 0       # 退出       sudo mount -a        #  如果以上顺利运行，就说明挂载成功了   df -h  

挂载3写入数据盘id

自动挂载数据盘

02.安装R语言

二.To install the latest version of R

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

三.保存后退出

这里碰到一个问题，系统弹出提示，/usr/local/lib/R/site-library 不能写入，同时，另外两个lib，/usr/lib/R/site-library， /usr/lib/R/library 也都不能写入

三个lib

就按照提示，将包安装入系统提供的personal library

01.安装Rstudio以及shiny

这里碰到一个问题，安装完rstudio-server及shiny后，无法登录8787端口及3838端口，完全不能快乐啊！

这里要特别感谢生信技能树群里的小伙伴，jimmy、skk、李东野、黯蓝、卖萌哥、小洁，在他们的热心帮助下，解决了这个问题！万分感谢！问题出在腾讯云的安全组设置！

rstudio

shiny

开放了端口后，香吗？乱香！

02.安装miniconda

1. https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#macosx-installers
2. 下载 sudo mkdir /home/biosoft cd /home/biosoft sudo wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3. 安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装 source ~/.bashrc # 激活

1. 配置环境变量，创建小环境 conda config --add channels r # 一行一行运行，运行后无提示，即运行成功 conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda cat ~/.condarc # 如果安装成功 conda create -n rna python=3 # 创建一个名为rna的小环境 # 成功后，截图如下

1. 进入环境，安装软件 conda activate rna # 激活 conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools

03.修改一下显示界面

sudo vi ~/.bashrc    # 在最后插入配置行  # PS1="[33]2;h:u w0733[33;1m]u 33[35;1mt33[0m [33[36;1m]w[33[0m]n[e[32;1m]$ [e[0m]"  # 保存后退出    source ~/.bashrc  

rc配置

♚

OK，到这里，生信配置就完成了！前前后后、反反复复，配置一个云服务器，花了3天的时间，设置自动挂载、寻找源，一个个的解决问题，这还是在有优质的教学视频的前提下，假如没有，学习成本还要高得多。

这里，真的要大力推荐 生信技能树团队 的教程， 感谢jimmy等一批无私分享者！对于我们这样的小白，实在是务必珍贵的资源，希望更多人能够看到，并从中学习到想要的技能、知识！

参考：

生信技能树公众号 – 所有的教程都值得仔仔细细的学习

R官网教程

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt

Rstudio官网教程

https://rstudio.com/products/shiny/download-server/ubuntu/

https://docs.rstudio.com/ide/server-pro/index.html#introduction

https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html