（小坑）bowtie2报错：Error reading RefRecord 'first' flag

• 2020 年 4 月 2 日
• 筆記

最近这几天碰到一个小bug:

报错

Error reading RefRecord 'first' flag bowtie2-align exited with value 1

但是我具体看了一下我的代码：

bowtie2 -q --phred33 --very-sensitive --no-unal --score-min L,0,-0.4  -x /asnas/sunyl_group/ligch/Database/hg38/hg38  -1 /asnas/sunyl_group/liull/seq_data/annuo-191126/analysis/trim/Rad21_1.fq  -2 /asnas/sunyl_group/liull/seq_data/annuo-191126/analysis/trim/Rad21_2.fq  -S ./RAD21.sam    samtools view -q 10 -h ./RAD21.sam > ./RAD21_q10.bam

既然是提示参考基因组的问题，去看了一下：

hg38index建立错误

咱重新来吧：

bowtie2-build hg38.fa  hg38  # 解释  #### bowtie2-build为建立index的命令，安装bowtie2以后就可以用；  #### hg38.fa 为human genome的参考基因组，FASTA格式；  #### hg38 为建立index需要指定的名称；

然后再进行bowtie2的比对~