miRTarBase数据库

• 2019 年 10 月 6 日
• 筆記

介绍

miRTarBase数据库是一个专门收集有实验证据支持的microRNA-mRNA靶向关系（MTI, MicroRNA-Target Interactions）的数据库。自miRTarBase数据库于2011年首次亮相以来，miRNA与靶基因相关信息的数据库不断更新。该数据库已经收录了超过8,500篇关于miRNA-靶标相互作用的实验支持文章。随着新发布的CLIP-seq数据集的增加，新miRTarBase中的MTI集合超过500,000。作者通过改进NLP（自然语言）技术，搜集到更多靶向关系对以及他们的网络功能和注释信息。数据库网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

目前miRTaebase数据库已经更新到miRTaebase7.0，从上图中我们看到该数据库包含了23个物种，共计23054个靶基因。

特点

miRTarBase数据库比较受欢迎的特点：

1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新，收录的数据也越来越多。包含的证据：Western blot、Report assays 、pSILAC（pulsed SILAC）、Microarray、qRT-PCR等。且整合其他的含实验证据的miRNA靶基因数据库 TarBase、miRecords、miR2Disease。
2. 支持多方面的在线查询方式 支持针对miRNA及靶基因，代谢通路，验证方法，相关疾病等多方面的查询
3. 支持数据下载 在线查询，针对少量的miRNA，比较方便，但是如果要想对批量的miRNA进行分析，还是最好能将数据下载到本地进行分析，而该数据库支持数据的下载，非常的方便。
4. 区分强实验证据和弱实验证据。前者包括Western blot、Report assays、Branched DNA probe assay，后者包括pSILAC（pulsed SILAC）、Microarray、5"RACE、ELISA、Immunoblot等。

数据库构建过程

① 用关键字【microRNA targets】或【miRNA targets】等在PubMed中查找文献并获取全文。 ② 全文检索，文本挖掘，寻找和MTIs实验有关的信息。 ③ 对进一步检索得到的文献每篇均由至少2人进行人肉检索验证。

使用过程

使用步骤：1、点击search。2、默认选by miRNA，当然个可以根据自己的需求选择其他选项。3、选择species物种为human sapiens人类。4、选择miRNA ID。5、输入想要查询的miRNA ID。6、submit提交等待结果。

我们可以看到结果包含我们输入的miR-146a-5p以及它的靶基因，同时有各类实验证明的该靶向关系。

下载

一般来说，如果miRNA数量较多时，最好可以下载到本地进行分析。而miRTarBase数据库刚好提供了下载页面，其包含更全面的下载数据。

（http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/download.php）

image.png

从上图可以看出，我们可以根据物种，或者实验类型等选择来下载所需的数据集。

我们以人类为例，我们下载的hsa_MTI数据集，包含着miRNA及靶基因，实验类型、证据强弱、文章ID等等。