为什么一个python报错不影响hisat2的运行呢
- 2020 年 3 月 17 日
- 筆記
最近给学员新购置一台练习使用的云服务器，在上面测试我们的lncRNA-seq流程的时候，发现一个很有趣的现象。就是使用conda，如下所示创建LncRNA-seq的实战软件环境
conda create -n lncRNA conda activate lncRNA conda install -y -c bioconda hisat2 stringtie samtools fastp
得到的hisat2是最新版，如下：
/home/jmzeng/miniconda3/envs/lncRNA/bin/hisat2-align-s version 2.2.0 64-bit Built on Wed Mar 11 23:09:57 UTC 2020 Compiler: gcc version 7.3.0 (crosstool-NG 1.23.0.450-d54ae) Options: -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY -std=c++11 Sizeof {int, long, long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
但是使用它把测序数据fastq文件比对到参考基因组的fasta文件的时候，发现运行日志里面有一个很有趣的报错：
Traceback (most recent call last): File "/home/jmzeng/miniconda3/envs/lncRNA/bin/hisat2_read_statistics.py", line 210, in <module> reads_stat(args.read_file, args.read_count) File "/home/jmzeng/miniconda3/envs/lncRNA/bin/hisat2_read_statistics.py", line 168, in reads_stat for id, seq in fstream: File "/home/jmzeng/miniconda3/envs/lncRNA/bin/hisat2_read_statistics.py", line 44, in parser_FQ if line[0] == '@': IndexError: index out of range
很明显是python脚本，或者是版本问题？
但是尽管报错，并不影响比对过程的完整进行
我看了看以前服务器的hisat2版本：
/home/jmzeng/miniconda3/envs/rna/bin/hisat2-align-s version 2.1.0 64-bit Built on Wed Jun 7 15:53:42 EDT 2017 Compiler: gcc version 4.8.2 (GCC) Options: -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY Sizeof {int, long, long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
看起来，hisat2只是是一个小版本的改动，但是GCC的版本差异很大。
就是分享一下，既然不影响，我也懒得深究
可能是跟R语言一样，大部分警告，甚至有些报错都是可以容忍的！
