久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了
- 2020 年 3 月 3 日
- 筆記
QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了！疫情仍在，学习的好时光呀，加油！这次更新有一些小的命令更改，已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5，请持续关注更新。
有关安装最新的QIIME2发行版的详细信息，以及教程和其他资源，请查看QIIME2 2020.2文档[1]。如果您遇到任何问题，请联系QIIME 2论坛[2]！
虚拟机版本将在下周的某个时候提供-请关注此主题主题帖子以获取更新[3]！
一、突破性变化
总结一下就是线程（核心数）全部使用不能用0了，要改为auto；另外删除了三个可视化工具。
1. q2-alignment
mafft：0不再是n_threads值可接受的值。请改为指定auto。
2.q2-phylogeny
• fasttree：对于n_threads值，0不再是可接受的值。请改为指定auto。
• iqtree：0不再是n_cores的可接受值，请改为auto。
• iqtree_ultrafast_bootstrap：n_cores，0不再是可接受的值，请改为auto。
• align_to_tree_mafft_fasttree：0不再是n_thread可接受值，请改为auto。
3.q2-gneiss
• balance_taxonomy: 此可视化工具已删除。
• ols_regression: 此可视化工具已删除。
• lme_regression:此可视化工具已删除。
二、亮点
1.QIIME 2 Framework
• 添加了新的检查，以更好地处理QIIME 2环境中错误配置的时区。如果QIIME 2和tzlocal无法确定机器的当前时区(或者，如果它确定有多个冲突的定义)，则QIIME 2在标记来源时将回退到使用UTC作为时区。
• 添加了新的类型检查实用程序is_metadata_column_type。
• [开发]修改了插件在PluginManager实例上注册的方式-现在可以按需注册插件，这对测试和开发特别有帮助。
• [开发]添加了一个新的用法API，允许插件开发人员将与接口无关的用法示例注册为插件的一部分。我们仍在致力于这方面的界面支持，所以尽管API已经存在，但目前它的效用有限–密切关注今年晚些时候的全面发布吧！
• 修复了parse_primitive的一个小问题，该问题导致某些不正确的强制TypeMap。
2.docs
• 修正了概述教程中的一个拼写错误！
• gneiss教程已更新，以反映上述重大更改。
• 添加了一个演示QIIME 2中通用实用程序功能的教程。
3.q2view
删除某些逻辑来限制某些请求的发生，这些检查旨在作为尚未解决的更广泛的工作计划的一部分。
4.q2cwl
更正了阻止q2cwl处理primitive union类型的错误。q2cwl可以再一次将所有QIIME 2操作呈现为CWL工具(注意：此QIIME 2接口不是标准分发的一部分，此时必须单独安装)。
5.q2-emperor
• 向biplot可视化工具添加了–p-invert标志，它允许您切换箭头和点(对于探索微生物代谢物数据很有用)。
• 将依赖项更新为最新版本的Emperor（1.0.0）
• 修复了无法为绘图生成SVG图例的错误。
• 修复了导致类别表仅在调整窗口大小时更新的错误。
• 修复了更改可见尺寸时会创建重复轴的错误。
6.q2-sample-classifier
• 修复了在ArtifaceAPI中多次执行时会导致重复绘制混淆矩阵图例的图形故障。
• 清理了热图可视化工具，以便更好地处理各种矩阵大小！
• 优化和模块化的单元测试。
• 添加了类型检查，以更改confusion_matrix 预测值的数据类型，使其与真实值的数据类型相匹配。
7.q2-demux
向emp-single/emp-paired无法映射任何读取时发生的错误添加了附加建议(修改新的Golay校正参数)。
8.q2-feature-classifier
• 创建了一条更好的错误消息，用于在classfy-skLearning耗尽内存时(这是一种常见情况)。
• 添加了新的extract_reads参数：read_orientation！这允许用户指定引物相对于序列的方向。
• classify-consensus-vsearch
classify_hybrid_vsearch_sklearn
这两个添加了maxhits, maxrejects, output_no_hits和weak_id 参数。
9.q2-phylogeny
• 添加了流程Align-to-tree-mafft-iqtree 和Align-to-tree-mafft-raxml 。它们类似于align-to-tree-mafft-fasttree，但使用IQ-tree/RAxML进行系统发育推断。–parttree选项仅添加了align-to-tree-mafft-fasttree和align-to-tree-mafft-raxml流程。该选项解决了要求比对超过一百万次读取的情况。
• [前面已提及]已将几个方法方法的n_thread和n_cores参数的允许值从Int%Range(0，None)改为Int%Range(1，None)| Str%Choices([‘auto’])。这不允许使用值0来指定自动线程/核心数，相反，用户应该使用值auto。
10.q2-dada2
修复了denoise_paired方法中的描述文本，以反映新的最小12 nt重叠，而不是旧的20 nt要求。 这项更改不是新变化，我们只是忘记了更新帮助文本！
11.q2-deblur
修复了导致q2-deblur在某些样本ID架构上爆炸的回归。
12.q2-types
• 修复阻止使用CasavaOneEightLanelessPerSampleDirFmt格式的错误。
• 改进在DNAFASTAFormat中发现无效字符时的错误消息
13.q2-longitudinal
修复成对差异操作中的错误，该错误阻止用户在没有组间差异时生成t值。
14.q2-composition
修复了一个小错误，该错误导致ancom可视化鼠标悬停中断。
15.q2-quality-control
添加了与vsearch一起使用的新exclude_seqs参数：left_justify！如果成对alignment以gap开头，则允许用户拒绝匹配。
16.qiime2.org
添加了指向我们社区行为准则的链接！
17.杂项
• 更新了QIIME 2项目存储库的许可证和版权头，以反映新的一年！
• 将最新版本的matplotlib引入标准发行版！
QIIME-ing快乐！
之前的几次更新在这里：
3. QIIME 2 2019.4更新学习笔记
5. QIIME 2 2019.1更新学习笔记
6. QIIME 2 2018.11发布学习笔记
References
[1] https://docs.qiime2.org/2020.2/
[2] https://forum.qiime2.org/
[3] https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2020-2-is-now-available/13822
