R语言实现多序列比对（MSA）可视化

  • 2020 年 2 月 25 日
  • 筆記

大家应该很熟悉多序列比对的工具，比如Clustal X系列，MEGA等。今天给大家介绍一个在R语言实现多序列比对可视化的R包ggmsa。首先我们看下所需要的包： 
BiocManager::install("treeio")  BiocManager::install("Biostrings")  BiocManager::install("ggtree")  install.packages("ggmsa")  install.packages("seqmagick")  install.packages("cowplot")

接下来我们看下其核心函数ggmsa：

其中的参数，我们不做赘述，其实都很明显了我们直接进入实战：

sequences <-system.file("extdata", "sample.fasta", package ="ggmsa")  ggmsa(sequences, 320, 360, color ="Clustal")

其它的颜色我们就不一一试了。接下来我们看下，font=NULL,去掉背景之后的样子： 

ggmsa(sequences, 320, 360, font = NULL,color = "Chemistry_AA")

然后，我们看下增加了进化树的综合绘图： 

library(Biostrings)  x <- readAAStringSet(sequences)  d <- as.dist(stringDist(x, method ="hamming")/width(x)[1])  library(ape)  tree <- bionj(d)  library(ggtree)  p <- ggtree(tree ) + geom_tiplab()    data = tidy_msa(x, 164, 213)  p + geom_facet(geom = geom_msa, data =data,  panel = 'msa', font = NULL, color= "Chemistry_AA") +xlim_tree(1)

最后我们看下和基因logo结合的MSA绘图：

f <- system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")  s <- readDNAStringSet(f)  strings <- as.character(s)  p1 <- ggmsa(s, font = NULL, color ='Chemistry_NT')    library(ggseqlogo)  library(cowplot)    p2 <- axis_canvas(p1, axis='x')+geom_logo(strings, 'probability')  pp <- insert_xaxis_grob(p1, p2,position="top", grid::unit(.05, "null"))  ggdraw(pp)

欢迎大家学习交流！

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