Jimmy老师神机妙算，带我绕过R包安装的3大坑

  • 2020 年 2 月 20 日
  • 筆記

以下笔记分享来自于2019-11月学徒，里面有3个生信技能树的笔记教程：

最近在安装 FACETS 的包，一直报error，脑壳疼。网上各种方法都尝试了，根本没有用！！还好跟着生信技能树Jimmy老师的推文一个一个解决掉了，深切感受到了大神一句话，菜鸟跑半年！

1.下载

因为mskcc/pctGCdata这个R包在GitHub上面，有100多m，实在是太大了，用传统的方法根本下载不下来，还好科学上网之后，多次尝试手动下载到本地搞定了

library(devtools)  install("/Users/macbook/Downloads/veseshan-pctGCdata-d2d4faf")

2.FACETS编译问题

因为之前提前看过Jimmy老师的推文GitHub的R包毕竟没那么可靠，所以这个坑没有踩。

因为不会编译，还是用笨办法，本地下载后在vignettes文件夹里删除就ok

然后本地安装

install("/Users/macbook/Downloads/facets-master")

结果报错

等等，这个gfortran好熟悉。。昨天的Jimmy老师推文提到过，哈哈哈哈

3.gfortran缺失

根据Jimmy老师的推文不知道为什么MAC安装R包时候总是出现gfortran错误来做就行

brew reinstall gcc

image-20200216222351383

然后无中生有

sudo mkdir -p /usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0  sudo cp  /usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/*  /usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0

最后就成功啦

install("/Users/macbook/Downloads/facets-master 2")

是不是很激动，前人踩坑，如果分享出来原来是对我们新生有这么大的帮助，当然了，生信技能树的推文必须得每天追啊，不然怎么可能了解这么多踩坑记录呢？

VirMach 便宜 VPS

QNews

QNews