你离4分sci只差一个ceRNA网络！

• 2020 年 2 月 12 日
• 筆記

百味科研芝士的小伙伴们大家好啊！好久不见甚是想念，点赞在看养成习惯。我是你们的老朋友小木舟~今天给大家分享来自《Epigenomics》，IF= 4.173，国人占比：4.80% 的一篇文章。文章的题目是：新型mRNA-miRNA-lncRNA竞争内源性RNA网络的鉴定与乳腺癌的预后相关。简单的说就是乳腺癌的ceRNA网络构建。

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文章思路

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步骤分析

一

乳腺癌中重要的DE-mRNA的鉴定

在GEO数据库选择了三个与乳腺癌有关的全基因组基因表达数据集（GSE36295，GSE42568和GSE109169），加上TCGA数据库。进行基因表达差异分析，作火山图。将4个数据集中的上调或下调的mRNA分别相交后，我们总共鉴定出72个上调的DE-mRNA和208个下调的DE-mRNA。

二

DE-mRNA的功能分析

对DE-mRNA进行GO和KEGG功能分析。

三

PPI网络的构建及关键基因的鉴定

对DE-mRNA的上调和DE-mRNA的下调分别构建了PPI网络。根据由cytoscape软件计算的节点度，筛选出两个失调基因组中的前20个中心基因。分别取上下调的前十个基因进行后续分析。

四

关键基因的基因表达验证和生存分析

利用GEPIA数据库和Kaplan-Meier数据库评估了这些基因的表达和对乳腺癌患者总体生存的预后价值。发现十个上调的基因不仅在乳腺癌中显著上调，而且也与乳腺癌患者的不良预后显着相关。十种下调的基因中，有九种基因在乳腺癌患者中均表现出低表达和良好的预后。之后，选择19个符合反向表达模式和存活预后标准的关键基因进行下一步分析。

五

关键上游miRNA的筛选和验证

使用miRTarBase数据库预测了这19个关键基因的上游miRNA。鉴定出51个miRNA来调控13个关键基因，其中七个基因被上调。分别通过starBase和Kaplan-Meier数据库进一步评估预测的miRNA表达和预后。结果，对于上调的基因的miRNA，乳腺癌患者中有七个miRNA与不良预后相关，其中只有三个在乳腺癌中被下调。在所有针对下调基因的38种miRNA中，有6种miRNA不仅在乳腺癌中显着上调，而且与不良预后显着相关。这些miRNA被鉴定为关键miRNA，并选择进行进一步分析。

六

关键上游lncRNA的筛选和验证

使用在线数据库miRNet预测了上游lncRNA。结果，在数据库中总共发现了59种lncRNA，其中有4种下调的miRNA；而有172种潜在的lncRNA可能会调控这6种miRNA。基于ceRNA假说，合格的lncRNA应该与miRNA负相关，而与mRNA正相关。同样对预测的lncRNA进行表达水平和预后验证。将表达和生存分析结果相结合后，有四个lncRNA被鉴定为ceRNA网络中的关键lncRNA。

七

乳腺癌lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建

基于先前的预测和验证，建立乳腺癌的关键lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。