4DGenome:染色质相互作用数据库

• 2019 年 12 月 20 日
• 筆記

4DGenome是一个染色质相互作用数据库，采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用，收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录，网址如下

https://4dgenome.research.chop.edu/

涵盖的5个物种列表如下

1. Homo sapiens(hg19)
2. Mus musculus(mm9)
3. Drosophila melanogaster(dm3)
4. Plasmodium falciparum(3D7)
5. Saccharomyces cerevisiae(sacCer3)

该数据库中收录的染色质互作信息来源于以下多种技术手段

1. 3C
2. 4C
3. 5C
4. Capture-C
5. ChIA-PET
6. Hi-C
7. IM-PET

不同物种和不同技术手段对应的数量显示如下

输入基因组区域或者基因名称，都可以检索相关信息，检索框示意如下

检索结果如下所示

点击Details可以查看详细的互作信息，InteractorA和InteractorB给出了互作的两个染色质区域的位置信息，Agene和Bgene表示与互作区域存在overlap的基因名称, Contact Frequency表示互作频率，LInk链接的是pubmed数据库，可以查看对应的具体文献。

通过该数据库，可以检索多个物种的染色质互作信息。