TiED:人类组织特异性增强子数据库
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
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TiED是一个人类增强子数据库，对10种不同组织中的增强子表进行定量和分析，鉴定了增强子的组织特异性，网址如下
http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/
首先综合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的结果来识别增强子区域，从Roadmap和ENCODE下载chip_seq数据进行分析，将在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb范围内，含有较高H3K4me1修饰水平，较低H3K4me3水平的基因组区域作为候选的增强子区域，然后过滤掉与蛋白编码基因TSS位点上游1kb存在overlap的增强子，得到最终的增强子区域。
对于增强子区域，提供了以下几种注释信息
- SNP位点注释 提供了增强子区域内存在的SNP位点的注释
- 转录因子注释 对潜在的调控增强子的转录因子进行注释
- 靶基因注释 将增强子上下游100kb范围内的蛋白基因定义为该增强子可能的靶基因
- 靶基因组织特异性注释 根据GTEx项目提供的基因表达量信息，分析增强子的靶基因在下图所示的10种组织中的表达情况，并计算组织特异性
根据靶基因的组织特异性，将增强子划分为以下3类
- specific enhancer
- ubiquitous enhancer
- other enhancer
其中specific ehhancer简写为TS enhancer, ubiquitous enhancer简写为UE enhancer。
其次结合CAGE测序的结果来识别增强子对应的RNA,即eRNA. 如果CAGE测序的peak位于增强子区域，说明该增强子转录产生了eRNA。
通过首页的检索框，可以根据组织，转录因子，基因名称或者基因组位置对数据库进行检索。以Heart组织为例，结果示意如下
增强子编号以enh前缀加数字编号开头，提供了基因组区域，eRNA注释，组织特异性注释等信息。点击增强子编号，可以查看以下几种详细信息
1. 转录因子
2. SNP
3. Tatget Gene
通过Browser菜单，可以查看某个组织内的TF-enhancer-gene调控网络，示意如下
该数据库中的信息是免费下载的，通过该数据库，除了增强子基因组区域的基本注释外，还可以得到转录因子和增强子的调控关系，以及增强子和基因的调控关系。
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