GWAS ATLAS:最全面的GWAS数据库
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果，并进行了不同表型间的遗传相关性分析，对应的文献发表在nature genetics上，链接如下
https://www.nature.com/articles/s41588-019-0481-0
数据库的网址如下
https://atlas.ctglab.nl/
该数据库不仅仅是一个gwas结果存储的数据库，对于收录的原始gwas结果，进行了深入挖掘，提供了risk loci, LDSC, MAGMA基因集关联分析，多种表型间的遗传相关性分析等结果。
分成了以下3大模块
1. Browse GWAS
查看gwas分析结果，包含了以下几点内容
- manhattan plot
- lead snp and risk loci
- gene-based association results
- SNP heritability and genetic correlations
GWAS分析最经典的展示结果就是曼哈顿图和QQ图了，示意如下
基于gwas结果，分析了lead snp和risk loci, 结果示意如下
利用MAGMA软件进行了基因集的关联分析，结果示意如下
利用LDSC分析，评估了表型对应的SNP遗传力，结果示意如下
2. Multiple GWAS comparison
用于比较多个gwas分析结果，有两种展示形式，第一种是多个因子的相关性分析，示意如下
上图展示的是risk loci个数和snp遗传力之间的相关性，每个点表示一个表型的gwas结果。
第二种是热图，示意如下
上图展示的是不同表型间遗传相似度的热图。
3. PheWAS
对于某个基因或者SNP位点，查看在不用表型中的关联分析结果，绘制如下所示的散点图
对应的表格数据如下
通过该数据库，不仅可以查看已有的gwas结果，更重要的是可以参考其后续挖掘的方法和思路。
