TCGA的兄弟网站TCPA了解下，爆好用！

• 2019 年 11 月 14 日
• 筆記

想必大家都知道TCGA，但与之配套的TCPA很多人都不知道。TCPA全称The cancer proteome atlas，癌症蛋白图谱。更新到3.0版本的TCPA网站是以蛋白质为中心综合分析的网站。

网站结合了反相蛋白质阵列（RPPA）和TCGA数据库的数据，能够分析RPPA蛋白与显著体细胞突变基因的相关性，评估拷贝数变化，DNA甲基化和mRNA对蛋白质的影响，能推断miRNA对蛋白质表达的调节作用，构建蛋白质与通路的共表达网络，并鉴定临床相关的蛋白质标志物。下面小编一一给你介绍：

板块一

蛋白质表达与突变基因的相关性

通过t检验和FDR来鉴定基因突变状态的突变组和野生型之间的差异表达的蛋白质。

板块二

mRNA，SCNA和DNA甲基化对蛋白质表达的预测能力

蛋白质表达受多种基因组和转录组特征的影响，其中SCNA，DNA甲基化和mRNA表达预计与蛋白质丰度变化直接相关。因此网站进行了比较分析，以查看哪个功能最有助于蛋白质表达。

板块三

miRNA对蛋白质表达的调控作用

可分析miRNA对特定蛋白质表达在特定肿瘤中的调控作用

板块四

蛋白质和通路的共表达网络分析

为了更好地表征蛋白质之间的功能关联，网站计算了通路得分，并根据通路与蛋白质之间的相关性建立了一个嵌套的共表达网络。

板块五

RPPA蛋白标志物的临床预后分析

通过评估RPPA蛋白标记与患者生存时间，肿瘤亚型和不同癌症类型的疾病分期之间的相关性，检查了RPPA蛋白标志物的临床相关性

小结

TCPA能够用来探索蛋白质组学与其他组学之间相互作用关系，但网站主要的局限性在于目前只收录了260个蛋白质标志物。未来会扩展到涵盖所有癌症通路的500多种蛋白质。基因组、转录组分析完了，要不来再加点蛋白质？