（小笔记/网站推荐）如何看引物跨是否跨内含子？

• 2019 年 10 月 29 日
• 筆記

今天问师弟的要了几管引物打算做PCR验证一下我的实验模板。   但是需要确定一下我这批引物不能跨基因的内含子，拿到了这一批引物序列，如何去看到底跨不跨内含子呢？

网站推荐： https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?hgsid=775341595_lzYGRULuw4C6b35wc3mi7CqaVIAV

网站页面

1：可以在Genome上面选择不同的物种，旁边的Assembly是基因版本号（比如说人类有hg38,hg19，小鼠也有不同的参考基因组）

参考基因组选择

2:Target genome assembly(基因集合)，一般默认没问题

3：把查询的引物粘贴进去，点击submit

粘贴正反引物序列

4：如果需要调整匹配的精度等，可以根据底下的说明来调整

5：看blast的结果啦 如果引物跨内含子的话，肯定是最初设计PCR的预估产物大小不匹配的，对于人类内含子来说一般比较大，几K左右，所以大小很明显不一样。 如果是引物不跨内含子的话，这个结果是和最初设计PCR的产物大小是一致的

查询结果，不跨内含子