新冠病毒已突变系误读 S亚型实际上是L亚型的“祖先”？
- 2020 年 3 月 5 日
- 資訊
一个不可否认的事实是，新冠病毒还在以我们不可知的方向变化着，面对胜过 SARS 病毒的新冠病毒，科研人员最担心的事情还是来了。
雷锋网消息，3 月 3 日，中国科学院主办的《国家科学评论（ National Science Review ）》发表题为《关于 SARS-CoV-2 的起源和持续进化（ On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2）》的论文。
论文对目前为止最大规模的 103 个新冠病毒全基因组分子进化分析，发现病毒株已发生了 149 个突变点，其中 101 个可归类为 L 和 S 两个亚型。其中 S 型是相对更古老的版本，而 L 亚型更具侵略性，传染力更强。从占比上看，L 亚型更为普遍，达到 70% ，S 亚型占 30% 。
对此，不少网友也表示担心：“我怀疑这个病毒有智商”。
新冠病毒可能分为两种类型，并非近期突变
值得注意的是，今日午间，据界面新闻报道，行业媒体 BioArt 团队分析了相关科研团队的研究后表示：有媒体所称的“新冠病毒已突变”系误读，正确理解应该为：新冠病毒可根据基因组不同的突变位点分为 L 、S 两个类型，但这两个突变型在病毒爆发的早期可能就已存在，并非近期突变而成。
所以，究竟是怎么回事呢？这恐怕还要回到论文本身。
S 亚型是 L 亚型的“祖先”，未发生重组？
雷锋网(公众号：雷锋网)了解到，此次研究共选取了 103 个病毒基因组序列，发现病毒株已发生了 149 个突变点，其中包括 43 个同义突变( synonymous mutation )和 83 个错义突变( nonsynonymous mutation )，而 70% 的病毒序列具有7 个相同的正义突变，外加 1 个相同的错义突变( L84S )，从而影响了病毒 6 个蛋白质的功能。
103个新冠病毒毒株的衍生突变频谱分析，橘黄色为非同义突变、绿色为同义突变（图来源自论文）
研究将这 70% 具有这些突变的病毒分类成为了 SARS-CoV-2 的 L 亚型 ( L 来源于错义突变 L84S)；而 S84L 的则被称为 S 亚型。
论文作者认为，根据新型冠状病毒的演变方式推测，L 亚型和 S 亚型的传播能力、致病严重程度或许存在较大区别。
为了进一步研究 L 型和 S 型菌株之间的关系，研究人员根据 103 种 SARS-CoV-2 病毒的全基因组序列重建了它们的进化树 ( phylogenetic tree)。
103个新冠病毒毒株的进化树（图来源自论文）
由此进一步确证了这两种亚型的差异。
在 SARS-CoV 家族中，其它较早病毒的序列均为 S84L 。因此，研究认为目前在流行的 L 亚型是 S 亚型进化而来的，S 亚型实际上是 L 亚型的“祖先”。
值得注意的是，研究分析认为两个亚型并没有发生自然界的循环重组；SNP 分析进一步确认了这种谱系分类，72 个病毒序列为 T28144，即编码 L；29 个病毒序列为 C28144，即编码 S。L 型是 T 碱基(对应亮氨酸，Leu)，S 型是 C 碱基(对应丝氨酸，Ser)。
通过与其他冠状病毒比较，作者发现 S 亚型新冠病毒与蝙蝠来源的冠状病毒在进化树上更接近，从而得出 S 亚型相对更古老的结论。
L 亚型在武汉暴发的早期阶段更为普遍，而 L 亚型的发生频率在 2020 年 1 月初后有所下降。作者认为，人为干预可能对 L 亚型施加了更大的选择性压力，如果没有这些干预，L 亚型可能更具侵略性和扩散得更快速。另一方面，由于选择压力相对较弱，在进化上较老且攻击性较小的 S 型可能在相对频率上有所增加。
一个很自然的推论是：相对古老的 S 型新冠病毒应该产生更多的病毒株，因其有更多的时间在人群中传播。然而，基因组数据表明 L 型占 70% ，S 型占 30 %，且每个 L 型病毒株比 S 型携带了相对较多的新生突变。为什么相对年轻的 L 型新冠病毒却产生了更多的病毒株？作者推测，L 型病毒传播能力更强，或者在人体内复制更快，因此可能意味着其毒力也更大。
两种新冠病毒亚型在时间和空间分布上存在差异（图来源自论文）
作者进而比较了 1 月 7 日前后 S 型和 L 型所占比例的变化，他们发现 L 型在病毒株中的比例下降，而 S 型比例上升。对于这一有些反常的变化，作者也给出了自己的假设——因为中国采取了强有力的防疫措施，L 型病毒的患者可能更容易表现出症状，因而更容易受到人工干预，从而使 L 型新冠病毒受到的负选择压力更大，感染的人数由此变少。
除此之外，这 103 个样本显示，大部分患者只感染了 L 亚型或 S 亚型中的一个。但其中一位近期有过武汉旅行史的美国患者分离出的病毒株，显示其可能同时感染了 L 亚型和 S 亚型新冠病毒。不过，作者表示目前还无法排除新突变型的可能性。
总体而言，这项研究通过 103 个 SARS-CoV-2 的基因组分析，首次系统阐述了病毒在人群传播过程中的演化动态。同时，作者也指出这些发现意味着，目前迫切需要结合基因组数据、流行病学数据和 2019 年冠状病毒患者临床症状图表记录，进行进一步的全面研究。
别慌，病毒突变符合正常流行病学规律
尽管如此，这一消息还是将大家的心揪起来了。病毒突变了，会不会让疫情更加严重？一时间，知乎、微博上关于新冠病毒突变的讨论甚嚣尘上。
对此，BioArt 则给出了一个更令人信服的说法：
一方面，需要科研人员带来更权威、更专业的解释（需要提一句的是，我们都知道科研更多的是一种“提出假说-验证假说-否定假说-再提出新假说”的过程，因此我们也应该给科研人员更多的宽容，因为本来科研就是不断完善和发展的）；
另一方面，在这个人人都是媒体的年代，如何能坚持底线，不盲目解读科学结论、不传播不责任的内容，也是每一个在传播链节点上的个体要思考的。
此外，论文作者特别强调，新冠病毒不是新近发生变异而分化成 L 和 S 型，而是这两个突变型在病毒爆发的早期可能就已经存在，是现在的隔离和医疗措施把可能更有害的 L 型频率给降低了。这一结果说明当前防疫和治疗的策略及措施是完全正确、并富有成效的。
当然，他们的结果是建立在非常少的样本量，并且主要是基于分子演化的结果。更全面的病毒演化信息还需要更多专家们用更多样品结合临床数据来验证。
或许，我们现在应该再耐心一点，毕竟，奋战在前线的医护人员和科研人员比我们更想早一点结束这场战争。
